ここでは、パーティションの操作などに焦点を当てます。
Ubuntuで使われるパーティションのフォーマット形式
ext4です。ファイル名に使用出来る文字や機能・制限は、Wikipediaを見てもらったほうが早いです。
Ubuntuで読み込みや書き込みができるフォーマット形式
GPartedを起動して、メニューから「表示」（View） ＞ 「サポートするファイルシステム」（File System Support）を
選択すると、その一覧が表示されます。
フォーマット形式の制限
「必要なソフトウェア」をインストールすると、×が○（チェック）になりますが、凡例でも書かれている通り、何かしらの制限がつくことがあります。
ntfsは一通りのパーティション操作に対して、○（チェック）になっていることがわかります。
ということは、WindowsのNTFSパーティションにアクセスできることが分かります。
しかし、NTFSがサポートしている全ての機能に対応しているわけではないので、
注意が必要です。
制限は、「必要なソフトウェア」を開発しているサイトのドキュメントを読むとよいでしょう。
例えばntfs-3gの場合、圧縮フォルダ（透過的な圧縮）には対応しているが、
暗号化されたフォルダ（透過的な暗号化）はサポートしていません。
結果、透過的な暗号化機能で暗号化されたファイルにはアクセスできません。
NTFSパーティションアクセス時の注意事項
UbuntuからNTFSパーティション上に「C:」という名のファイルが作成できてしまいます。NTFSでは「:」はファイル名に使用できません。
そのため、その後Windowsからchkdskを行うと、不正なファイルとして削除されてしまいます。
逆もまた然りです。
Windowsからext4パーティションにアクセスするソフトがありますが、
似たような事情があるため、注意が必要です。
よく分からなければ、NTFSにはアクセスしない、
または、アクセスするなら読み込みのみで利用するのが比較的安全だとは思います。
